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2019年12月全球出現第一例新型冠狀肺炎病例，2020年1月28日慈濟成立「防疫總指揮中心」，隨著疫情的轉變，持續做滾動式運作。
2021年5月 19日衛福部宣全臺三級警戒，慈濟以五大項關懷行動：醫療防疫物資捐贈、疾疫紓困，安學計畫、設立社區防護站，及採購捐贈五百萬劑BNT原廠疫苗，擴大關懷範圍，守護健康、守護生命。
關懷對象：醫護人員／第一線防疫人員
援助方式：
疾疫紓困金（11,164戶）、生活物資卡（1,672張）、安心生活箱（111,874箱）、安心祝福包（15,100份）、大米（1,131,490公斤）等 ，合計援助 1,670,332 件
「我們不知道每天所接觸的人是健康？還是確診？」這是第一線工作人員的憂心。
三級初期，全臺醫療量能吃緊，急缺相關防疫裝備，慈濟接獲需求，緊急向海外採購，並調度一切可用資源，在第一時間將製氧機、呼吸器、快篩試劑、防護衣、隔離衣、N95口罩、防護面罩、醫用手套等，送到醫療院所、警消機構、海巡署、台鐵等單位，做第一線防疫人員最堅實的後盾。
關懷對象：中、低收入戶／檢疫隔離者／社福團體／
社區弱勢族群
援助方式：
疾疫紓困金（11,164戶）、生活物資卡（1,672張）、安心生活箱（111,874箱）、安心祝福包（15,100份）、大米（1,131,490公斤）等 ，合計援助1,670,332件
在餐飲停業、學校停課不停學等措施下，社福團體、中低收入戶及弱勢族群，生計受到影響，慈濟即時提供紓困金、物資卡、安心生活箱、安心生活包。
疫情持續，關心弱勢學子暑期的營養需求，在全臺十五縣市啟動「弱勢學童暑期營養紓困計畫」，攜手果菜市場、農會、計程車、貨運行及在地農產加運輸業者，以「安心生活箱」顧營養、用「健康蔬果箱」顧健康，這沉甸甸的限時專送禮物，是集合跨界合作的大力量，讓全家吃得健康、營養，過程中更讓在地小農、計程車等業者也獲得收入。
關懷對象：弱勢家庭學子
援助方式：
提供無線分享器（15,027臺） ／新購或二手電腦（4,849臺）／青年線上伴學趣大學伴工讀1,183人／青年線上伴學趣小學伴伴學3,162人，合計24,221件
6月中旬全臺學校緊急改為線上上課，從設備的不足到網路頻寬的限制，對弱勢家庭而言都是一個負擔。而對於每年暑假都必須打工賺取下學期學費的學生而言，打工機會也變少了，間接可能會影響到學業。
除提供筆電、無線分享器等學習給需要的學子，關心孩子在家學習力，慈濟推出「青年線上伴學趣」的創新方案，邀請臺大教授葉丙成、成大教授陳岳男擔任顧問，結合慈濟教育志業，大愛臺等資源，由2至3位大學伴、4至6位小學伴為一組，透過PaGamO線上教育平臺，及搭配人文類與互動類的課程安排，提供每週一至三次的伴學課程，讓學童在暑假期間，以有趣的學習方式，持續累積閱讀理解能力，並降低小學伴的學習流失（Learning Loss），減緩偏鄉或弱勢學生在疫情期間的學習落差，而大學生有了打工的機會，也同時學習提升線上教學(online tutors)的能力，半年執行二期計畫，合計共有23792人次大學伴投入，56736人次小學伴受益。
關懷對象：全臺灣民眾
援助方式：
設置 25 座篩檢／36 處靜思堂成立疫苗施打站
應縣市政府或醫療單位提出需求，用最短的時間協助搭建25座組合屋式及移動式篩檢站，增加篩檢量能。另，配合政府防疫政策，慈濟在15縣市開放36座靜思堂及會所作為疫苗接種站，讓居區民眾安心就近施打疫苗，合計服務65萬8823人次民眾。
慈濟自1986年在花蓮啟建靜思堂，爾後於各縣巿設有不同型類的道場，功能雖略不同，共同的是提供民眾自在進出、歇腳的好去處，也是志工教育訓練、慈善工作運作、社會推廣教育、會議、慈善展覽活動等所在地，更是社區防災運作的場所，此次化身疫苗接種站，功能活化再升級，用最近的距離守護民眾健康。
關懷對象：
12-17 歲青少年／全臺灣民眾
援助方式：
採購捐贈500萬劑輝瑞疫苗（BNT） 2021/09/02-2022/01/27全數到貨
隨著三級警戒四度延長，增加疫苗覆蓋率，成為守護生命健康重要的一環！
6月23日，慈濟基金會正式向衛福部遞件申請500萬劑BNT疫苗緊急進口，而選擇BNT疫苗是基於以下三點理由: (1)BNT疫苗是我們目前所知最好的疫苗之一。(2)BNT現行產能的供應比較能夠符合我們緊急的需求。(3)BNT疫苗是目前市面上唯一能施打在12-17歲青少年的疫苗。因此，慈濟本著搶救生命的人道精神，依循合法程序與完備文件流程，匯聚全球慈濟人及社會愛心人士的力量，完成500萬劑BNT疫苗的採購與捐贈。終於在9月2日首批BNT原廠疫苗運抵臺灣，並於2022年1月27日全數到貨，共同見證政府與民間防疫共善的歷史時刻。匯聚全球慈濟人及社會愛心人士的力量，完成500萬劑BNT疫苗的採購與捐贈，提供12-17歲年輕人及民眾施打，於2022年1月27日疫苗全數底臺。
